大修陵墓同治5年,咸丰帝的定陵完工。按清制,他的两位皇后慈安、慈禧的陵墓只可在定陵附近选址,并只能建一座皇后陵。当时便定下给两位皇太后建一座陵,棺椁并排奉安。慈禧看了奏折很生气:“哪个陵里葬两个太后,连妃园寝的妃子还都各自为券,这不是明着欺负我们姐妹?”承修大臣们只好提出,仿照双妃园寝的样式,在陵的后院东西并排各建宝城、宝顶、下建地宫。将平顶山改名“普祥峪”,为慈安万年吉地;菩陀山改“菩陀峪”,为慈禧的万年吉地。光绪21年8月,东陵守护大臣为讨好慈禧,上奏朝廷说慈禧陵因连年雨水,多有糟朽,急需修整。慈禧命亲信庆亲王和兵部尚书荣禄为承办大臣。结果,陵内建筑无一不修,大殿和东西配殿都从原来的揭瓦维修改为拆后重建!此次大修工程浩大,到光绪25年已拨款150万两,以后的款项更是个无底之谜。中间,八国联军侵华使工程停顿,慈禧回京后,再次来到工地亲自检查。1908年10月18日,工程在历时13年重修后终于完工(巧的是4天后慈禧去世)。仅三殿所用的叶子金达4592两!陵内的丹陛石,为高浮雕加透技法雕成,图案为“龙在下,凤在上”。隆恩殿周围的69块汉白玉板处处雕成“凤引龙追”,74根望柱头打破历史上一龙一凤的格式,均为“一凤压两龙”,暗示她的两度垂帘。