清廷授予蒙古封建主王公爵位,任命为札萨克(旗长)。札萨克世袭,根据清廷的规定和法令处理旗务,并接受清廷的监督。札萨克之下设协理台吉、管旗章京、梅伦、笔帖式等僚属,协理旗务。旗内的土地和属民由札萨克支配,旗下设佐,为基本军事单位,每佐设佐领一人,辖旗丁一百五十人,在旗札萨克领导下,审理丁册,征收税课,排解纠纷,传递信件及征发人丁。佐领之下设骁骑校、领催,协助位领办理军政事务。每六佐复设一参领统辖。在佐之下,每十户设一什长,为最低一级行政单位的管理人。清统治者为了不使旗札萨克享有独立权力,订出会盟制度,在旗之上设盟,合数旗而成。盟不是实质性的管理单位,只是一种实行监督的组织,一般不设办理盟务的衙门。只是在盟内各旗会盟时“简军实、阅边防、理讼狱、审丁册”。盟设正副盟长各一。每3年会盟一次,各盟均有固定的会盟地。盟长由理藩院于盟内各旗札萨克中选人赛清帝任命兼摄。盟长的主要任务是充当会盟的召集人,不能直接干预各旗内部事务,也无权擅自发布政令,只是对各旗札萨克起监督作用,并充当旗札萨克与清go-vern-ment的中间人。蒙古旧有的部,只在名义上保存下来,不具有任何行政职能。封爵为:1亲王2郡王3贝勒4贝子5镇国公6辅国公7札萨克台吉8一等台吉(塔布囊)9二等台吉(塔布囊)10三等台吉(塔布囊)11四等台吉(塔布囊)12固伦额驸13和硕额驸14郡主额驸15县主额驸16郡君额驸17县君额驸外蒙古四部:土谢图汗,赛音诺颜,车臣汗,扎萨克图汗,下辖旗八十六个,计:土谢图汗部20旗,属汗阿林盟;三音诺颜部22旗,厄鲁特2旗,属齐齐尔巴克盟;车臣汗部23旗,属克鲁伦巴尔和屯盟;札萨克图汗部18旗及辉特部1旗,属札克必拉色钦比都哩雅诺尔盟。青海蒙古共置西蒙古和硕特、绰罗斯、辉特、土尔扈特等部28旗、喀尔喀部及诺门罕1旗,为1盟,由西宁办事大臣兼任盟长。土尔扈特部编旗设盟:在今新疆巴音格楞蒙古族自治州境内的旧土尔扈特部4旗,为南路乌纳思索珠克图盟;今和布克赛尔蒙古自治县境内的3旗,为北烙乌纳恩索珠克盟;今乌苏县境内的2旗,为东路乌讷恩素珠克盟;今博尔塔拉蒙古族自治州境内的1旗,为西路乌讷恩素珠克盟。此外,新土尔扈特2旗,为青塞特奇勒图盟;和硕特3旗,为巴图塞特奇勒图盟。在西套蒙古地区也建立了旗制。阿拉善地区和硕特蒙古,于康熙年间建立札萨克旗;额济纳地区亦建立了札萨克旗,皆不设盟。乾隆年间,杜尔伯特三策凌率部南附清朝后,于1754年(乾隆十九年),建左翼1旗,辉特1旗,为赛因济雅哈图左翼盟;又建右翼3旗,辉特1旗,为赛因济雅哈图右翼盟。